会社のPCにUSBストレージとして接続してSDカードに書き込もうとすると会社のPC自体がリブートします。

原因はまだわからないけど自宅のカノープスのキャプチャボードとVIAのUSBチップとの相性問題のときと症状が似ているような気がする。
最終的にはCFカードを経由するしかないかも。